Am 16. November 1938 wurde unsere Pfarrkirche St. Ludwig vom damaligen Bischof der Diözese Augsburg – Dr. Josef Kumpfmüller – konsekriert. Die Geschichte zum Bau einer eigenen Pfarrkirche für Hoyren und Aeschach reicht allerdings bereits in den Beginn des vorherigen Jahrhunderts zurück. Am 25. März 1904 gründete sich der Kirchenbauverein Aeschach-Hoyren, der Gelder für den Kirchenneubau sammelte und im Jahr 1920 zu einem rechtsfähigen Verein wurde. Im Jahr 1921 wurde der Kirchenbauverein und das bis dahin zur Verfügung stehende Kapital dann auf die neu gegründete (Tochter-)Kirchenstiftung Aeschach-Hoyren übertragen. Ab 1922 übernahm die neue Kirchenverwaltung Aeschach-Hoyren die Verwaltung des Vermögens.  Nachdem Monsignore und Stadtpfarrer Kerler am 1. Februar 1937 durch die Diözese den Auftrag bekam, denn längst geplanten Kirchenbau in die Wege zu leiten wurde, nach der bauaufsichtlichen Genehmigung durch die Regierung von Schwaben und Neuburg vom 15. Mai 1937, am 25. Juli 1937 der Grundstein für die Pfarrkirche St. Ludwig durch Monsignore Kerler gelegt. Im Frühjahr 1938 war der Rohbau fertig gestellt und am 16. November 1938 erfolgte die Konsekration. Die sonntäglichen Gottesdienste begannen dann am 20. November 1938.  

Die Pfarrei St. Ludwig ist gegenüber den beiden anderen Pfarreien der heutigen Pfarreiengemeinschaft Lindau-Aeschach eine sehr junge Pfarrei. Ursprünglich gehörte der heutige Pfarreienbereich zum Pfarrbezirk der Stiftskirche auf der Lindauer Insel. Nachdem im Jahr 1938 die Konsekrierung der heutigen Pfarrkirche "St. Ludwig" durch Bischof Dr. Kumpfmüller erfolgte, bedeutete der Jahreswechsel 1938/39 ein bedeutender Schritt in Richtung Selbständigkeit, da ab dem 01.01.1939 die Aeschacher Gemeinde als sogenannte Expositur in einem gewissen Rahmen selbstständig wurde. Erst nach dem 2. Weltkrieg erfüllt sich einer der größten Wünsche der Katholiken der Stadtteile Aeschach und Hoyren, denn zum 1. September 1948 wurde St. Ludwig von der Expositur zu einer selbständigen Pfarrei, nachdem nach Überwindung der Schwierigkeiten durch die besonderen staatsrechtlichen Verhältnisse Lindaus zu dieser Zeit, am 15.7.1948 vom Kreispräsident seine Einwilligung zur Errichtung der Kath. Pfarrpfründestiftung St. Ludwig und damit zur Umwandlung in eine Pfarrei erteilt wurde. In der Konfirmationsurkunde des Bischofs von Augsburg heißt es: "trennen Wir Kraft Bischöflicher Vollmacht gemäß Canon 1428 § 1 CJG die Tochterkirchengemeinde St. Ludwig in Lindau-Aeschach von der Mutterpfarrei Mariä-Himmelfahrt in Lindau (B) ab und erheben sie hiermit mit Wirkung vom 1. September 1948 zu selbständigen Stadtpfarrei."

Im Jahr 1969 wurde der Ortsteil Schachen von der Pfarrei St. Ludwig getrennt und zusammen mit Bodolz ein Teil der neuen Gemeinde St. Johannes.